1976年4月12日，集宁市革命委员会环境保护办公室成立。1979年10月，环境保护办公室改称环境保护局；1992年11月，机构改革，将环卫处划归环保局，为集宁市环境卫生管理局；1996年8月，环保同环卫分开，恢复为集宁市环境保护管理局。2002年将原“集宁市环境保护管理局”变为“集宁市环境保护局”；2004年8月撤盟建市，乌兰察布盟改为乌兰察布市，集宁市改为集宁区，随之“集宁市环境保护局”改为“集宁区环境保护局”。

现有班子成员3人，其中正科级1人，副科级2人。局机关内设5个股室，下设3个二级单位。全系统共有干部、职工66人（其中：在职47人、退休19人）。